GKJ Manahan didewasakan pada tanggal 8 Februari 1929, berlokasi di Tumenggungan, Surakarta. Sebelum dewasa termasuk bagian / pepanthan dari GKJ Margoyudan Surakarta. Pada tanggal 25 Desember 1931 mempunyai gedung baru berlokasi di Manahan yang diresmikan dalam Kebangkitan Natal oleh Ds. Van Eyk, sebagai Konsultan GKJ Manahan.
Pendeta pertama yang melayani GKJ Manahan adalah Bapak Ds. Atmowidjono yang bertugas sejak tahun 1936. Jumlah warga 50 orang, yang berkemang mencapai 239 orang pada tahun 1942, pada waktu tentara Jepang datang menduduki Indonesia. Daerah pelayanan meliputi kota Sala bagian barat, Kartasura, Pengging, Blulukan, Palur, Karanggede.
Masa pendudukan Jepang merupakan lembaran hitam bagi
GKJ Manahan dan gereja lain pada umumnya. Karena Jepang menganggap bahwa agama Kristen sebagai milik Belanda yang datang dari Barat . Segala sesuatu yang datang dari Barat dilarang, tidak boleh dilakukan. Maka gedung gereja GKJ Manahan ditutup dan disegel oleh pemerintah penduduk Jepang.
Dalam suasana yang mencekam, jemaat tetap mengadakan kebaktian secara diam-diam di gereja lewat pintu belakang, atau di rumah salah seorang warga. Sewaktu Bapak Ds. Atmowidjono meminta kepada tentara pendudukan Jepang untuk membuka segel pintu gereja, ternyata malahan ditahan. Tetapi kita boleh bersyukur bahwa kemudian dapat dilepaskan.
Pada akhirnya Tuhan berkenan memberikan berkatNya, dengan perantaraan seorang ahli hukum warga jemaat kita yaitu Mr. Suwidji yang dapat menunjukkan piagam pemerintah Jepang memberi perlindungan kepada umat Kristen di Jawa. Dengan demikian gedung gereja termasuk gereja-gereja se kota Sala, dapat mengadakan kebaktian seperti sedia kala, mesipun rasa takut dan cemas belum hilang juga.
Pada tanggal 9 Juli 1945 Bapak Ds. Atmowidjono dipanggil menghadap Tuhan, Bapa di Sorga. Kemudian diganti oleh Bapak Pdt. RM S. Purwowidagdo, sebagai pendeta kedua di
GKJ Manahan. Pada tahun 1949 Bp. Purwowidagdo diangkat sebagai Pendeta utusan untuk Klasis Surakarta, maka pelayanan di GKJ Manahan dilaksanakanoleh seorang guru Injil, Bp. RN. Padmowijono. Baru pada tahun 1951 ada seorang pendeta yang ditahbiskan, sebagai pelayanan di GKJ Manahan, yaitu Bp. Pdt. S. Hadisewojo, yang merupakan pendeta yang ketiga.
Mulai saat itu pelayanan dapat berjalan baik. GKJ Pepanthan Kerten didewasakan pada tanggal 27 Maret 1967, yang dilayani oleh Bp. Pdt. Suparman Purwoko Adisudarmo, yang ditahbiskan pada tanggal 27 September 1968.
Pepanthan-pepanthan mulaiberkembang. Semula baru ada Pepanthan Blulukan yang diasuh oleh Guru Injil, sekarang dilayani oleh 4 orang majelis.
Kemudian pada tanggal 8 Januari 1966 lahir pepanthan Klodran, yang mempunyai gedung gereja sendiri pada tanggal 25 Desember 1976 saat ini dilayani oleh 7 orang majelis.
Pepanthan Tohudan sudah ada embrionya sejak tahun 1953. Diresmikan pada tanggal 25 Desember 1969 oleh Bp. Pdt. S. Hadisewojo. Mempunyai tempat ibadah sendiri pada tahun 1977. Sekarang diasuh oleh 4 orang majelis.
Pepanthan Sumber merupakan pepanthan terakhir dari 4 pepanthan yang ada di GKJ Manahan. Diresmikan pada tanggal 31 Desember 1990 oleh Bp. Wlikotamadya KHD Tingkat II Surakarta, dilayani oleh 12 orang majelis.
Dengan berkembangnya warga jemaat di
GKJ Manahan dirasakan perlu menambah tenaga gereja, dengan memanggil pendeta baru. Maka pada tanggal 29 April 1971 ditahbiskanlah pendeta yang keempat di GKJ Manahan, Bp. Pdt. Bambang Broto Sudjaly, S.Th. Sejak saat itu ada 2 orang Pamulang yang melayani jemaat.
Pada tahun 1983 Bp. Pdt. S. Hadisewojo mulai masuk masa emiritus, maka diadakan persiapan untuk memanggil seorang pendeta baru. Pada tanggal 18 Januari 1985 ditahbiskan Bp. Pdt. Widya Notodiryo, S.Th sebagai pendeta yang kelima di GKJ Manahan.
